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29.00
课程简介
自从RNA被发现在基因组和蛋白组之间作为关键的调控和中间媒介后，转录本的鉴定和基因表达定量就成为分子生物学中的研究热点，而利用高通量RNA测序，能够很好地帮助人们进行这两项研究。
然而近年来越来越多的方法学和分析流程的被公开发表与应用，让很多初学者感到迷茫与困惑，尤其是如何理解RNA－Seq研究的必要和关键步骤。由于研究目的千差万别，目前没有一个分析流程能够适用于所有的项目。
本次专题分为Section 1和Section 2，将会带大家回顾RNA－Seq数据分析中的主要步骤，包括实验设计，数据质控，数据比对，基因和转录本定量，数据可视化，基因差异表达，可变剪接，功能分析，融合基因检测和eQTL检测等等。同时，我们将会针对每一步分析中的难点与挑战，一起探讨新技术可能带来的转录组研究的革新。
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课程大纲
01/ 实验设计
哪些生物学问题适合以转录组为研究对象？
HiSeq 2000/2500/4000，Ion Proton/PGM，BGISEQ－500,PacBio RSII/Sequel这些测序平台如何选择？
测序长度是不是越长越好？测序量是不是越大越好？
在项目预算有限的情况下，如何分配测序深度与生物学重复的关系？
02/ 数据比对
Bowtie，SOAP，BWA，TopHat，Hisat，GMAP这些比对软件有什么区别？该如何选择？
比对率在多少算是正常？比对率低一般是什么原因？
有比对的结果可以做哪些分析？
03/ 基因定量
我的项目研究对象是人/小鼠／水稻等模式生物，研究对象只有转录组组装的结果，或者只有基因组组装的结果，怎么选择基因定量方法？
RPKM和FPKKM分别代表什么意思？
我们该关注高表达基因还是低表达基因？
高通量测序得到的结果是否需要qPCR验证？如何选取基因验证？
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课程对象
01/ 如果你有临床/生物/基因组方向或者其他相关专业背景，希望通过高通量测序回答生物学问题...
02/ 或者你正准备开始转录组数据的生物信息分析，却不知道如何入手；又或者你对转录组分析内容感兴趣的话...
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讲师介绍
袁永娴
袁永娴，华大RNA方向研发负责人，主要研究方向为基因表达定量，可变剪接与融合基因的鉴定，长链非编码RNA的预测与功能分析，新平台与新技术在RNA方向的应用。
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