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生物信息分析常用软件与数据库使用方法
背景介绍
理论与实战并重，通过具体的案例演示，使学员理解序列比对、组装、重测序、注释相关基本概念，掌握组装、重测序、注释软件的使用方法和分析流程。引导学生以核心生物信息软件为中心，搭建信息分析流程，解决实际应用问题。
培训目的
熟悉并掌握组装、重测序、注释常用的软件及数据库的使用方法；了解关键的分析方法及算法原理。掌握核酸序列分析的常用软件、数据库的使用方法；能够对DNA序列进行简单的功能分析，并能够对产生的数据进行有效管理。
培训对象
1.具有生物、数学、计算机、统计等相关学科背景并对生物信息学感兴趣的在校大学生；
2.有意向从事生物信息领域工作、科研的社会人员。
课程体系
生物信息常用数据库使用方法，共10门课，19学时。
在线课程
1.核酸、蛋白质数据库与blast搜索：引物设计、物种鉴定：nt/nr、RefSeq、blast、Taxonomy——胡刚
2.常用专业功能数据库使用方法：GO、COG、UniProt、KEGG、PubMed、OMIM——赵勇
3.序列比对及典型软件的使用方法：bwa、muscle、MUMmer——刘伟庆
4.基因组组装常用软件使用方法：SOAPdenovo、Canu等——刘伟庆
5.转录组组装常用软件使用方法：Trinity、Cufflinks、Tophat——岳尧
6.差异表达分析软件使用方法——朱思涛
7.基因组注释常用软件使用方法：重复序列、基因结构与功能、ncRNA、细胞器基因组注释——赵勇
8.重测序变异检测与注释分析常用软件使用方法——胡刚
9.高通量数据可视化常用软件使用方法——胡刚
10.分子进化分析常用软件使用方法——刘伟庆
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