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课程简介

众多生物基因组测序项目陆续完成

生物学数据正在加速度增长

您,是否迫切需要分析和注释高通量数据?

您,是否对多组学有兴趣却无从下手?


来这里,备受好评与期待的华大学院“暑期班”,将为您带来更前沿的技术、更实用的分析软件,把生物信息分析常用技能一网打尽,全面有效地解决您在实际工作中所遇到的棘手问题。

本期为2019年暑期实战培训班,诚邀大家交流学习!


培训时间:2019年8月5日-17日(10天)

培训地点:深圳华大总部

主办单位:华大基因学院

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课程大纲

专题一

基因组学 8月5-9日

01/ 常用生物信息公共数据库资源介绍及应用

  • 常用生物信息公共数据库资源介绍及应用

  • 常用数据格式介绍

  • 数据库批量下载以及常用工具应用

02/ Linux操作基础

  • Linux系统简述

  • Linux 系统常用目录操作命令

  • Linux 系统常用文件操作命令

  • Vi 编辑器的使用

03/ 基因组denovo 组装方法及软件

  • 测序数据质控分析

  • 高质量序列拼接和组装方法及常用软件介绍

  • 项目实操

04/ 基因组注释及基因注释

  • 基因结构预测及功能注释

  • 蛋白结构域注释

  • 重复序列注释

  • 非编码RNA基因注释

  • 其他功能元件注释

  • 项目实操

05/ 基因组重测序及数据分析

  • 数据过滤及质量评估

  • 序列比对方法及常用软件介绍

  • 变异检测方法及常用软件介绍

  • 变异注释方法及常用软件介绍

  • 项目实操

专题二

转录组学 8月12-14日

01/ 二代全转录组测序分析

  • RNA-seq 研究适用范围及项目设计要点

  • denovo组装和定量分析介绍

  • 全转录组可变剪切分析

  • 基因融合分析

  • 转录水平定量分析

  • 差异表达转录本分析

  • lncRNA鉴定

02/ 三代转录组测序分析

  • 三代测序的特点和优势

  • 三代全长转录组分析策略

  • poly A长度检测

  • 转录本绝对定量

03/ 单细胞转录组测序分析

  • 单细胞RNA-Seq技术的分类

  • 10X单细胞RNA-Seq的特点和优势

  • 单细胞数据分析策略

  • 线上交互性结题报告体验(Dr.TOM)

04/ 非编码RNA分析

  • 小RNA分类注释

  • 预测新的miRNA

  • 靶基因预测

  • 靶基因功能富集

  • 互作调控分析

  • 常用网站/软件操作

05/ 实践操作

  • 靶基因预测(psRNA Target、micro -T)

  • 可视化工具介绍(RNA structure)

  • 案例解析

专题三

蛋白组学 8月15-17日

01/ 蛋白质组学-蛋白质的鉴定

  • 蛋白质数据库介绍

  • 蛋白质组学鉴定基本原理

  • 鉴定鉴定软件的实践-mascot

  • 软件鉴定结果的可视化(PDV软件的使用)

02/ 定量蛋白质组学

  • 定量蛋白质组学方法简介

  • 定量蛋白质组学方法介绍

  • iTRAQ、DIA定量结果解读

  • MaxQuant定量分析软件介绍

  • Perseus后处理软件介绍

  • 华大蛋白质组学iTRAQ结果详细解读及相关文章作图

03/ 蛋白质组功能注释

  • 蛋白质组功能注释简介

  • GO注释及其WEGO软件实战

  • KEGG注释及其实战操作

  • 分子互作Cytoscape软件实战操作

  • 答疑

04/ 靶向蛋白质组技术及应用(MRM技术)

  • 靶向蛋白组学技术简介

  • 基于MRM技术的靶向蛋白组学应用

  • MRM实验方案设计

05/ Skyline软件的使用

  • 靶向蛋白质组学信息分析思路及方法

  • Skyline软件介绍及使用

  • 相关问题答疑

06/ 代谢组学

  • 代谢组简介

  • 代谢组统计分析原理及metabanalyst软件使用

  • 代谢组报告解读及调图系统演示

07/ 生物代谢标志物分析

  • 代谢生物标志物分析理论

  • 代谢物通路分析实战

  • 答疑

08/ 代谢通路分析

  • 代谢物通路分析理论

  • 代谢物通路分析实战

  • 答疑

09/ 多组学整合分析及经典案例解析

  • 蛋白质组与其他组学整合分析应用

  • 水稻蛋白基因组经典案例分析

  • 蛋白质组转录组整合分析方案介绍

  • 多组学整合分析项目的科研设计与经典案例分享

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培训对象

01/ 从事生物信息分析等相关的工作人员

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培训优势

  • 培训内容全面系统——多组学贯穿分析(基因组、转录组、蛋白质、代谢组),技术手段紧密结合生物应用

  • 讲师阵容强大专业——经典文章作者参与授课,项目参与者经验分享

  • 课程设置新颖独特——实践课程 理论课程,项目设计 互动讨论

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培训特色

  • 一流的讲师——丰富的项目执行经验

  • 项目数据操作——为学员提供实际操作的机会,给您的研究带来最直接有效的帮助

  • 立足实践——选取研究中的真实案例加以分析

  • 课程赠送 ——赠送生物信息类网络在线课程

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讲师团队

陈 文 彬

华大基因研究院动植物基因组负责人,从事生物信息分析相关工作七年。研究内容主要包括基因组组装注释及进化,基于全基因组重测序的动植物遗传多态性,动植物分子育种技术,基因编辑技术,大数据在基因组学中的应用等。

先后参与十余个重大国际基因组项目,主持和完成了多项重大基因组研究项目的信息分析工作,成果分别发在《Science》《Nature genetics》,《Nature Biotechnology》等。

目前已发表在国际顶级科学杂志在内的SCI收录论文23篇,其中第一作者或并列第一作者7篇,通讯作者3篇。荣获年度优秀讲师荣誉称号。

何 燕 斌

深圳华大质谱-信息技术研发负责人,华大基因资深蛋白质组信息分析专家。

具有丰富的信息分析经验,主要研究方向为蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、多组学生物信息分析方向。

先后参与多届人类染色体蛋白组计划(C-HPP)、科技部973,863等多项重要科研课题,参与多款华大蛋白分析流程开发、多组学的流程开发。

2017年起受聘担任华大基因学院生物信息兼职讲师,负责教授《生物信息学》课程。在蛋白质组学相关领域发表国际著名学术期刊发表文章近10篇,其中第一作者或者并列第一作者5篇,同时有相关专利两项,软件著作权多项。

金 鑫 

华大基因大数据总监,研发中心副总监,基因组学与生物信息学专家。

曾参与一系列重大科研项目的攻坚,包括国际千人基因组计划、中丹糖尿病基因组计划、人类泛基因组图谱计划、高原基因组计划,及自闭症基因组计划等,基因组学与生物信息学专家。

目前专注于生物信息云计算技术的研发,以及基因大数据的分析与挖掘。目前已经在《Cell》、《Nature》、《Science》等国际顶级学术杂志发表论文二十余篇。

梁 鑫 明

深圳华大基因高级生物信息工程师。2010年加入华大,9年生物信息分析经验,参与过10多个动植物基因组项目,熟悉基因组重测序分析,对华大自主研发测序仪的数据评估经验丰富。华大学院本科创新班《Linux操作系统概述及常用bash shell命令使用介绍》讲师,目前在华大智造应用研发中心从事科试剂盒研发的生物信息分析工作。

刘 永 锋

华大科技技术支持部总监。擅长转录组、非编码RNA、微生物基因组、宏基因组等项目,已发表文章15篇,涵盖,转录组,细菌基因组,真菌基因组,蛋白质组,宏基因组等领域。

刘 杰

华大基因资深蛋白质组信息分析工程师 主要研究方向为常规蛋白组学、多肽组学、磷酸化蛋白组学技术研究及其相关信息分析。已发表SCI文章四篇。

梅 占 龙

华大基因资深代谢组学信息分析工程师,主要研究方向为代谢组学技术研究及生物信息分析,参与开发多款华大代谢分析流程,在蛋白质组学相关领域发表国际著名学术期刊发表文章2篇。

石 泉

深圳华大生命科学研究院超级细胞所,生物信息副研究员。哥本哈根大学在读博士。

2011年加入华大生命科学研究院并从事信息分析研究工作至今。曾参与多个单基因病检测项目,分析并交付临床样品超过2万例,领导开发华大内部通用注释框架。

研究领域为非编码突变解读,以及利用单细胞转录组和表观基因组测序技术进行肝细胞再生机制研究。发表SCI论文9篇,发明专利1项,软件著作权3项。

孙 海 汐

深圳华大生命科学研究院超级细胞所,生物信息副研究员。美国洛克菲勒大学博士后主要从事拟南芥胁迫诱导的长链非编码RNA的功能研究。

2015年-2017年在新加坡丰益国际有限公司担任研发科学家,主要从事酱油的风味肽以及酱油酿造过程中的宏基因组研究。

2017年9月加入深圳华大生命科学研究院,现主要以多组学的角度来研究不同的生物学问题,与研究所内部各方向、外部高校等科研机构进行生物信息学合作。

基础研究和企业研发经历丰富,近五年以第一作者和共同第一作者在Genome Research、Plant Cell、Nucleic Acids Research、BMC Genomics和Cellular & Molecular Immunology上发表研究论文5篇。

王 崇 志

深圳华大基因高级生物信息工程师。目前主要从事生物信息学相关的试验设计、数据处理与统计分析等科学研究与技术开发及人才培训工作。

熟悉基因组denovo、转录组及群体重测序等项目类型及相关数据产出平台。在Molecular Biology and Evolution、The Plant Journal、PLoS one、Scientific Reports等学术期刊发表论文5篇

许 春 艳

华大基因资深信息分析工程师。2010年毕业哈尔滨医科大学,生物信息学专业, 毕业后加入BGI;2015年毕业于香港中文大学,生物信息与基因组学院;现主要负责华大股份植物基因大项目的分析。

熟练基因组组装,注释,进化,转录组分析的原理和方法,掌握动植物基因组的各种生物信息学分析方法和软件工具;负责或参与多个基因组项大项目的分析,成果发表在国际期刊《Science》,《Nature Communications》等,目前已发表在国际科学杂志在内的SCI收录的论文8篇,其中并列第一作者2篇。

袁 永 娴

信息研发工程师,科技服务研发部基因表达与调控方向负责人,主要工作为重点产品的研发和维护升级,包括转录组测序、长链非编码RNA、单细胞测序等;新平台的评估测试和应用开发,包括HiSeq/NovaSeq、Ion Proton、PacBio,BGISEQ/MGISEQ等测序平台。拥有软件著作权十余项,专利两项,发表国际期刊2篇,其中一篇为第一作者。

朱 欠 华

高级研发工程师。从事生物信息分析9年,主要擅于转录组和基因组组学分析,包括表达定量、非编码RNA调控、基因共表达网络等,参与发表SCI论文9篇,其中一作4篇。同时负责流程和软件开发,申请发明专利4项,软著6项。

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