培训 | 蛋白质代谢组学数据分析挖掘

时间:2019-01-03 10:14:59 来源:华大基因学院 浏览数:703


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课程简介

蛋白质组学、代谢组学已经成为各国研究的重点方向,成为生命科学、临床科学研究的前沿。为进一步帮助广大科研工作者快速提升蛋白质鉴定定量、功能注释、代谢通路分析、后期数据处理与统计学分析、跨组学整合分析等技能,华大学院特推出“蛋白质代谢组学数据分析挖掘培训班”,通过理论授课与实践相结合的方式,使学员得到全面系统的培训。


本次讲师团队由华大基因创始人之一刘斯奇教授及其所在团队成员担纲授课。讲师长期从事蛋白质组学、代谢组学数据挖掘分析,在组学领域积累非常丰富的项目经验。


主办单位:深圳市华大基因学院

举办地点:中国 深圳

培训时间:2019年3月25-28日


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培训目标

01/ 使学员了解最前沿的研究思路并掌握主流的组学研究技术

02/ 使学员掌握常用蛋白质组鉴定、质控方法和数据库的使用

03/ 使学员掌握蛋白质功能、网络分析方法、下游分析之蛋白质功能注释方法

04/ 使学员了解蛋白组-转录组-代谢组跨组学挖掘分析

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课程大纲

第一天

3月25日

01/ 蛋白质组学前沿技术动态介绍

02/ 多组学整合分析及经典案例解析(项目设计思路、解决问题)

  • 蛋白质组与其他组学整合分析应用;

  • 水稻蛋白基因组经典案例分析;

  • 蛋白质组转录组整合分析方案介绍;

03/蛋白质组学鉴定基本原理

  • 蛋白数据库介绍;

  • 蛋白质组学鉴定基本原理

  • 鉴定软件介绍;

  • 华大蛋白质组学鉴定结果的详细解读;

04/蛋白质鉴定软件的使用

  • 数据库的ID转换实战;

  • mascot软件的使用实战练习;

  • mascot数据结果的格式转化;

05/定量蛋白质组学原理、应用及其结果解读

  • 鉴定结果可视化的重要性;

  • 可视化软件PDV使用;

  • 相关文章作图,韦恩图,谱图-肽段匹配图展示等;

第二天

3月26日

01/ 定量蛋白质组学原理、应用及其结果解读

  • 定量蛋白质组学方法简介;

  • 蛋白定量软件及其统计方法介绍;

  • iTRAQ、DIA定量结果解读;

02/ 蛋白定量软件MaxQuant的使用及其后续结果分析

  • MaxQuant软件的实战;

  • MaxQuant定量结果的Perseus的使用;

  • 相关文章作图,聚类图,火山图,PCA分析图等;

03/ 靶向蛋白质组技术及应用(MRM技术)

  • 靶向蛋白组学技术简介;

  • 基于MRM技术的靶向蛋白组学应用

  • MRM实验方案设计;

04/ Skyline软件的使用

  • 靶向蛋白质组学信息分析思路及方法;

  • Skyline软件介绍及使用;

  • 相关统计分析及文章作图;

第三天

3月27日

01/ 修饰蛋白质组学技术及应用

  • 修饰蛋白质组技术简介;

  • 修饰蛋白质组鉴定和定量;

  • 修饰蛋白质组数据库简介;

02/ 修饰蛋白质组学实战分析

  • 激酶底物分析-NetworKIN软件使用;

  • Motif-x分析图;

03/ 代谢组学

  • 代谢组简介;

  • 代谢组统计分析原理及metabanalyst软件使用

  • 代谢组报告解读及调图系统演示;

04/ 生物代谢标志物分析

  • 代谢生物标志物分析理论&上机实践;

05/ 代谢物通路分析

  • 代谢物通路分析理论&上机实践;

第四天

3月28日

01/ PSI质谱标准数据格式

  • HUPO-PSI质谱数据标准格式详解;

  • ProteomeXchange 联盟介绍-PRIDE、iProx;

  • 数据格式转换工具介绍;

02/ 文章发表-数据上传

  • 文章发表最后一步,数据上传至数据库;

03/ 下游分析之蛋白质功能注释

  • 蛋白GO注释;

  • 蛋白COG注释

  • 蛋白KEGG注释;

  • 蛋白互作分析;

04/ 蛋白功能注释实战 

  • 功能注释软件DAVID实战操作;

  • GO注释软件WEGO实战操作;

  • 分子互作Cytoscape软件实战操作;

05/ 同源建模

  • 多序列比对结果可视化软件Jalview实战操作;

  • Swiss-model在线同源建模;

  • 分子结构可视化软件Pymol实战操作;

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培训对象

01/ 从事生命科学、医学、农学等领域的科研工作者和高校师生

02/ 迫切希望提升多组学信息分析能力的学员


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培训优势

  • 一流的讲师——丰富的科研经验、重大项目执行经验

  • 全面的课程—— 技术原理、分析流程&技术应用相互结合 

  • 全新的方法 -——使用开源的软件&分析流程,更方便、快捷

  • 面对面解决问题 —— 与信息分析、数据挖掘达人面对面探讨项目中的瓶颈问题

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讲师团队

刘 斯 奇

刘斯奇,华大集团创始人之一,华大基因蛋白质组首席科学家,国务院特殊津贴专家。

早年先后于德克萨斯大学、贝勒医学院、路易斯维尔大学学习和工作,1999回国参与创建华大基因,长期从事基因表达调控及基因产物、结构与功能研究,从事以质谱技术为核心的肿瘤微环境蛋白质组、微量蛋白质组、非数据依赖采集定量蛋白质组、修饰蛋白质组与代谢组学技术研究与应用开发。

作为首席科学家曾主持并完成了国家科技部973项目 “蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用”, 863项目“肺癌血清生物标记物的筛选及其应用”等国家级项目二十余项。

带领蛋白团队在国际高水平期刊发表《Quantitative Analysis of the Human AKR Family Members in Cancer Cell Lines Using the mTRAQ/MRM Approach》 、《Quantitative proteomics reveals the temperature-dependent proteins encoded by a series of cluster genes in Thermoanaerobacter tengcongensis》等文章90多篇。

获得《酰基载体蛋白Ⅲ抗原表位、抗酰基载体蛋白Ⅲ抗体及其用途》、 《非典型性肺炎病毒特异蛋白质和临床检测的方法及试剂盒》等授权专利20余项。


以下展示部分发表文章: 

1 Chen X, Zhu Y, Wang Z, Zhu H, Pan Q, Su S, Dong Y, Li L, Zhang H, Wu L, Lou X, Liu S.mTORC1 alters the expression of glycolytic genes by regulating KPNA2 abundances.J Proteomics. 2016 Mar 16;136: 13-24. 

2 Kong N, Zhou Y, Xu S, Deng Y, Fan Y, Zhang Y, Ren Z, Lin L, Ren Y, Wang Q, Zi J, Wen B, Liu S. Assessing Transcription Regulatory Elements To Evaluate the Expression Status of Missing Protein Genes on Chromosomes 11 and 19. J Proteome Res. 2015 Dec 4;14(12):4967-75.

3. Fan Y, Zhang Y, Xu S, Kong N, Zhou Y, Ren Z, Deng Y, Lin L, Ren Y, Wang Q, Zi J, Wen B, Liu S. Insights from ENCODE on Missing Proteins: Why β-Defensin Expression Is Scarcely Detected. J Proteome Res. 2015 Sep 4;14(9):3635-44.

戚 达

戚 达华大蛋白质方向资深课程顾问,蛋白质组学研究专家。2008年获得威尔士大学计算机科学博士学位。2011年在英国利物浦大学开始从事蛋白质组学信息分析研究,主要参与欧盟第七框架计划资助的ProteomeXchange项目,作为HUPO-PSI工作组的成员,制定蛋白质组学标准数据格式,包括定量蛋白质组标准mzQuantML,代谢组标准mzTab等格式的制定,开发与Pride数据库相关的软件。

2016年负责英国生物技术和生物科学研究理事会(BBSRC)牛顿基金资助的英国-中国-泰国-菲律宾-越南可持续水稻计划项目,开发生物信息分析流程,利用蛋白基因组学方法,提高水稻基因注释的可靠性以及发现新的未知基因。

2017年加入华大基因,担任蛋白质生物信息平台负责人。主攻基于质谱的蛋白质组学,代谢组学数据标准化建设,大数据深度挖掘,智能生物信息分析系统开发。截至当前,在国际著名学术期刊发表文章10余篇,开发商业化软件ProteoLabels的原型。具有丰富的生物信息分析经验和项目经验,教学举一反三。


以下展示部分发表文章:

1. Z. Ren, D. Qi, N. Pugh, K. Li, B. Wen, R. Zhou, S. Xu, S. Liu, A. R. Jones, Improvements to the rice genome annotation through large-scale analysis of RNA-Seq and proteomics datasets, Molecular and Cellular Proteomics, November 2018, mcp.RA118.000832; https://doi.org/10.1074/mcp.RA118.000832

2. D. Qi, C. Lawless, J. Teleman, F. Levander, S. W. Holman, S. Hubbard, A. R. Jones, The representation of selected-reaction monitoring data in the mzQuantML data standard, Proteomics, 2015, 15(15): 2592-96. doi:10.1002/pmic.201400281.

3. D. Qi, R. Krishna, A. R. Jones. The jmzQuantML programming interface and validator for the mzQuantML data standard, Proteomics, 2014, 14(6): 685-8. doi:10.1002/pmic.201300281. 

何 燕 斌

何燕斌,华大资深蛋白质组信息分析专家

主要研究方向为蛋白质组学鉴定、定量信息分析、多肽组学信息分析及其宏蛋白质组学信息分析。先后参与多届人类染色体蛋白组计划(C-HPP)信息分析工作,参与多款华大蛋白分析流程开发。


以下展示部分发表文章:

1. Siqi Li#, Yanbin He# et al. Digging More Missing Proteins Using an Enrichment Approach with ProteoMiner. Journal of Proteome Research 2017 16 (12), 4330-4339.

2. Yan Ren, Yanbin He et.al. Reagents for Isobaric Labeling Peptides in Quantitative Proteomics. Analytical Chemistry 2018 90 (21), 12366-12371.

3. X.U Hong-Kai#, YAN Ke-Qiang#, HE Yan-Bin et al. The Strategies and Challenges in Metaproteomics Bioinformatics[J]. Progress in Biochemistry and Biophysics, 2018, 45(1): 23-35.

专利:

1. Yan Ren, Yanbin He et al. A method and system for protein identification. Chinese national patent (2017, accepted).

2. Shao Weilan, Yanbin He et al. An cold shock expression T-Vector and its application. Chinese national patent (2014, CN 201410501807 A).

赵 容 丽

赵容丽,华大资深蛋白质组信息分析工程师。

具有丰富的蛋白质组项目分析经验,先后参与开发及完善多款华大蛋白质组分析产品流程。主要研究方向为蛋白质组学鉴定、定量信息分析、靶向蛋白质组学信息分析等。


以下展示部分发表文章:

1. Yong-Liang Jiang, Hua Jin, Hong-Bo Yang, Rong-Li Zhao, Shiliang Wang,Yuxing Chen and Cong-Zhao Zhou.Defining the enzymatic pathway for polymorphic O-glycosylation of the pneumococcal serine-rich repeat protein PsrP. J. Biol. Chem. 2017, 292: 6213.

软件著作权:

MRMpipline 登记号:2016SR184922

PTPL,登记号:2018SR323854

Acety1MSSPL,登记号:2018SR323536

ModQuantPL,登记号:2018SR323554

GlycoMSPL,登记号:2018SR323557

UbMSPL,登记号:2018SR322797

PhosMSPL,登记号:2018SR322784

PhosphoPRM,登记号: 2018SR540307

DiaPL,登记号:2018SR775736

刘 杰

华大资深蛋白质组信息分析工程师。

主要研究方向为常规蛋白组学、多肽组学、磷酸化蛋白组学技术研究及其相关信息分析。


以下展示部分发表文章:

1. Ning Luan, Wang Shen, Jie Liu, Bo Wen, Zhilong Lin, Shilong Yang, Ren Lai, Siqi Liu, Mingqiang Rong. A Combinational Strategy upon RNA Sequencing and Peptidomics Unravels a Set of Novel Toxin Peptides in Scorpion Mesobuthus martensii. Toxins . 2016, 8(10).

2. Bing Xie, Xiaofeng Li, Zhilong Lin, Zhiqiang Ruan, Min Wang, Jie Liu, Ting Tong, Jia Li, Yu Huang, Bo Wen, Ying Sun, Qiong Shi. Prediction of Toxin Genes from Chinese Yellow Catfish Based on Transcriptomic and Proteomic Sequencing. Int. J. Mol. Sci. 2016, 7(4)

3. Mingqiang Rong, Shilong Yang, Bo Wen, Guoxiang Mo, Di Kang, Jie Liu, Zhilong Lin, Wenbin Jiang, Bowen Li, Chaoqin Du, Shuanjuan Yang, Hui Jiang, Qiang Feng, Xun Xu, Jun Wang, Ren Lai. Peptidomics combined with cDNA library unravel the diversity of centipede venom. J Proteomics. 2015, 114:28-37. 

梅 占 龙

华大资深代谢组学信息分析工程师。

主要研究方向为代谢组学技术研究及生物信息分析,参与开发多款华大代谢分析流程。


以下展示部分发表文章:

1. Bo Wen, Zhanlong Mei, Chunwei Zeng and Siqi Liu. metaX: a flexible and comprehensive software for processing metabolomics data. BMC Bioinformatics.2017.18:183

2. 刘彦伯,梅占龙,郭珍玉,曾春薇,栾合密,闻博,刘斯奇.基于质谱信号的代谢物鉴定:生物信息学的机遇与挑战[J].生命的化学,2017,(01):49-56.

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收费标准

01/  注册费

  • 5600元/人。(含包括学费、资料费、实操练习费、其他材料费及餐费)

【注】培训期间可协助安排住宿,费用自理。


02/  优惠政策

  • 华大生物信息学培训班老学员或华大长期业务合作伙伴,可享受9.5折优惠;即:5320元/人;

  • 4 1团体优惠,即同一单位有4人同时报名参加该期培训班,可额外赠送1个名额;即:4480元/人;(只限于同一期培训班)

【注】以上两项优惠不能同时使用,最终优惠解释权归华大学院所有。


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