福利!这个知识库在线就能看,继续免费!

时间:2020-01-13 09:44:09 来源:华大科技BGITech 浏览数:6617



以下文章来源于华大科技BGITech ,作者归佳栋


华大科技BGITech:深圳华大基因科技服务有限公司(简称华大科技)——华大基因(BGI)旗下子公司——肩负集成智慧、催化科技的使命,专注于服务生命科学研究者和搭建全产业链服务网络,致力于成为全球生命科学研究机构的首选合作伙伴。


外显子的数据不会看怎么办?

miRNA的靶基因怎么预测?

MeV怎么画热图?

GSEA软件怎么用?

数据上传NCBI报错怎么办?

单细胞测序有没有最新的文献解读?

测序建库的method怎么写?

……

以上是合作伙伴在向技术支持寻求帮助时,经常会提到的问题。


华大科技去年9月推出的在线知识库,涵盖了高通量测序的各种知识和教程,并在不断更新中。自上线以来,知识库获得了合作伙伴的广泛好评。


根据日常的技术回复统计,近期我们对知识库内容进行集中升级,知识体量进一步上升,随时在线查看,继续免费!!!


先给大家看看更新总览:

√ 结果解读视频

新增ATAC-seq、微生物和质谱类产品,更新WGS & WES

√ 产品帮助文档FAQ

扩容,并新增:微生物和质谱类产品帮助文档

√ 测序基础概念

√ 数据实用技巧

新增:KOBAS、DAVID、MapMan、AgriGO、Metascape软件使用,利用FZ上传SRA数据等等,新增培训课程视频(课程涵盖Dr.Tom、Excel、GSEA和Cytoscape),新增小RNA靶基因工具教程

√ 文章套路解读(扩容)

√ 提取建库的实验SOP和方法描述(新增)


让我们具体一一介绍:

01、结果解读视频

此次升级,知识库新增了ATAC-seq产品解读视频,更新了WGS和WES的解读视频。ATAC是一个较新的技术,拿到数据结果后,很多合作伙伴往往不知道该如何利用和解读。WGS和WES方面,则新添了实际案例以帮助挖掘数据。

整体来说,这部分内容涵盖mRNA、非编码RNA、DNA、表观和动植物重测序等产品的报告(report)和数据文件(data)解读,针对每一个条目、每一个文件及概念都有详细的解读视频。

图1 WES & WGS视频解读截图


02、产品帮助文档FAQ

蛋白和代谢类的产品FAQ此前没有收录进来,本次更新成功收录。另外,知识库新增了各个方向的高频提问,方便大家搜索。


总的来说,此部分收录了各类FAQ问题,涵盖所有科服核心产品,从取样建库、基础分析到高级分析等每个步骤均有涉及,全面解答大家的疑惑;同时,我们定期更新收集到的问题,使数据库保持在最全最新的状态。

图2 帮助文档FAQ内容截图


03、相关测序概念

此部分囊括了常见概念、基因组变异相关概念、组学概念、数据文件格式的介绍、中心法则相关概念和常见数据库的介绍。

图3 NGS相关概念目录

04、数据实用技巧

这部分的更新内容非常多,涉及了各种第三方软件的使用、NCBI数据的上传、定量PCR实验的引物设计等,尤其是针对Excel、GSEA和Cytoscape三个工具录制了强大的培训视频,从原理、操作等方面带领大家掌握和使用。具体更新内容如下:

1)新增KOBAS、DAVID、MapMan、AgriGO等富集工具使用教程,Metascape注释软件使用教程;

2)新增上传16S数据以及利用FileZilla上传SRA数据的教程;

3)新增引物设计方法,协助合作伙伴开展qPCR验证实验;

4)新增各大数据库参考序列查找方法,涵盖主流数据库的不同物种;

5)新增在线培训视频录播,内容涵盖Dr.Tom、Excel、GSEA和Cytoscape;

6)新增小RNA专题,主要涉及靶基因工具的简单教程;

7)充实Excel作图系列教程到应用九,涵盖各类热图绘制。

图4 Excel技巧目录


05、文章套路解读

分析整理已发表文章的思路,可以帮助我们设计课题实验和样本分组。因此,我们收集了不同产品方向的2018-2019年最新论文,搭配解读PPT直观展示,通过文章思路分析和结果解读,拆解最新最全的文章套路,协助大家设计实验方案和分析思路。本次扩容,重点新增10X单细胞转录组、表观、免疫组库、微生物等产品的文章解读。

图5 文章解读部分截图


06、提取建库的实验流程和方法描述

这是知识库的全新模块!很多小伙伴在撰写文章Method时,苦于不清楚具体的建库测序步骤,更无法使用英语来描述,因此,此部分展示了常规DNA、RNA测序产品的提取和建库方法,并改编为方法method英文段落,协助合作伙伴撰写英文文章!

图6 实验流程文件夹部分截图