直播回顾 | 第二期《临床遗传学系列线上研讨课程》精彩内容

时间:2020-03-10 11:25:57 来源:华大医学 浏览数:1233



今天,华大基因与华大学院联合主办的《临床遗传学系列线上研讨课程》第二课顺利落下帷幕了!这次,我们邀请到美国医学遗传学和基因组学委员会 (ACMG) 认证临床分子遗传学家杨亚平教授,给大家分享了在线直播课程《全基因组范围测序与遗传疾病的诊断与发现》,有近4万人次在线观看了直播并与杨亚平教授进行了热烈的学术交流。本文中小编将在线研讨课程中的部分具有共通性的重要问答进行了汇总和整理,抛砖引玉,也盼望各位专家同仁在留言区各抒己见。


WGS VS. WES


问:WGS比WES的优点是什么?


答:WGS可以检测到WES不能检测的变异,如结构变异、线粒体变异等。但现在WGS的费用还比较高,而且分析起来比较花时间。但WGS在临床的应用肯定是未来的方向。


问:临床样本检测策略选择用WES还是WGS?


答:这要看病人的经济承担能力,以及你的科研需求。在美国如果有保险可报销,我可能会让病人先做WES,WES还可以看大片段的CNV,如果没查出来再做染色体芯片检测。当然WGS也可以考虑,但如果是作为常规检测,病人承担的费用就会相对比较高。在临床中,选择好的检测方法是很重要,但是否实用、性价比也很重要。同样的费用,你是想给更多的病人做检测,还是想使用更新但更贵的方法给更少的病人做检测,这是可以选择的。


问:你分享的案例中,有一个是WES检测不出来又做了WGS,这样会增加病人费用,有什么办法纠正WES结果?


答:如果还有WES数据,可以重分析数据看看为何第一次没检测到。例如说,是不是个新基因,可能半年前做检测的时候还不知道这个基因,半年后新基因的发现就能分析出来。所以我会建议进行WGS加测前,可先做WES的重新分析。

数据解读分析


问:单纯看先证者的WES或WGS数据,可以区分一对等位基因来源于父方还是母方吗?


答:非常难,除非两个变异挨得比较近,或者可以分析是否在一个读长片段上,或者是否在一个pair end上。但一般只看单人的数据很难区别,必须要做父母的验证。


问:现阶段如何解读WGS内含子变异?


答:这个很难,目前我们也没有很好的方法,要看具体的内含子变异以前有没有文献报道过,如果没有报道过,那就用软件预测,但预测软件也不是很准确,对一个内含子变异深究不一定有好结果。有一个重要的点是,可以看是否为新发突变 (显性或X连锁遗传),或者是否与其他变异构成复合杂合子 (隐性遗传)。


问:基因与疾病的关系是参考OMIM还是参考Clingen?


答:基因与疾病关系总的而言还是参考OMIM,Clingen里面定义了基因的致病机制,例如说基因是否loss of function 或者 gain of function 致病。但Clingen不是太全,基本还是用OMIM更多。


问:是否可以解释一下为什么WGS或WES要依赖准确的表型来分析解读?


答:如果分析人员的分析经验比较丰富,且需要分析的变异较少,是可以不依赖于表型描述就很快发现致病的变异。但可惜,WGS/WES会检出非常多的变异,特别是很多VUS,如果不借助表型很难准确分析其致病的可能性。但如果发现有AR遗传的两个VUS满足复合杂合,再借助表型去分析也比较符合,那我们分析认为这样的VUS也是有构成病因的可能。


问:怎么能找出一个新的印记基因?


答:要看证据,如果你有一些案例的基因变异总是从父母其中一方来源发病,可能是个新的印记基因,可以进一步做甲基化研究等。

拷贝数变异与UPD


问:AOH、LOH、UPD的区别和联系是什么?


答:AOH是absence of heterozygosity,一般指没有拷贝数变异的失杂合。

LOH多年前用于肿瘤组织中的loss of heterozygosity,是指有一个拷贝缺失了,原来是杂合的变异变成了纯合。

UPD是指Uniparental Disomy,一般是指染色体水平的改变,常染色体都是成对的,如15号染色体,一般一个来源父亲,一个来源母亲,如果某种情况发现一对染色体都是来源父亲或都是来源母亲,就是UPD。如果某一段染色体都来源于父亲或母亲一方且为纯合的 (来源于同一亲体的同一染色体),叫做单亲同二体 (isodisomy);如果这一段染色体是来源于同一亲体的两条同源染色体,那叫做单亲源异二体 (heterodisomy)。


问:UPD检测如何实现?


答:现在UPD是通过VCF 文件分析的,由于一个位点可能是来源父亲,也可能是来源母亲,可以通过来源的可能性计算出UPD分值,当数据异常发现变异都是从一方来的即可判断为UPD。UPD分值需要通过trio样本中家系的位点数据来计算。如果只有一个先证者,当发现某个染色体变异都是纯合的,也可以判断为疑似UPD的单亲同二体 (isodisomy)。


问:大片段CNV如何进行Sanger检测?


答:如果是WGS检出的CNV,可以用Sanger方法验证,通过从WGS数据推测CNV的断点大概位置,再根据断点位置去设计PCR引物验证。如果是WES检出CNV,由于断点很难确定,那只能尝试在可能断点位置附近选择多用几对Sanger引物验证,这的确不是很好的验证方法,或者可以考虑用qPCR、MLPA、array等实验方法验证一下CNV。


问:22q11.2 Digeorge Syndrome 为什么有的父母存在缺失但没有临床表型,后代存在缺失却又有表型呢?


答:我认为针对Digeorge Syndrome,可能父母其实并非完全没有症状,只是表型很轻所以被忽略,后代的表型较严重而被识别到。这主要涉及到表型异质性的现象,除了Digeorge Syndrome,还有很多的遗传疾病也会出现类似的情况:在家族中,相同遗传病因的个体表型差异很大,轻重不一。对于这点目前尚无很好的解释,有观点认为可能与修饰基因有一定的相关性。


杨亚平 教授

美国爱生诊断 (AiLife Diagnostics,Inc.) CEO

贝勒医学院分子与人类遗传学系客座教授

美国医学遗传学和基因组学委员会认证临床分子遗传学家


研究领域:人类分子遗传学,新疾病基因及机理,分子诊断在临床中的应用等。杨亚平教授在基因测序,DNA变异解读和临床遗传咨询方面拥有二十多年的经验。


研究成果:多次在世界顶级学术期刊上以第一或通讯作者身份发表文章,如NEJM, JAMA, Nature Genetics, AJHG, Genetics in Medicine等。杨教授领导发现了包括Schaaf-Yang syndrome的多种遗传综合症,还参与了多个美国国立卫生院的项目,如NIH/NHGRI的UDN, CSER 和eMERGE等。


福利/大放送

第一讲:《细胞遗传学检测解读与遗传咨询》

第二讲:《全基因组范围测序与遗传疾病的诊断与发现》

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