培训 | 单细胞组学实用技术分析培训

时间:2019-04-23 16:17:42 来源:华大基因学院 浏览数:159


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课程简介

单细胞测序是指通过对单个细胞不同组学层面,如基因组、转录组及表观基因组等进行高通量测序,获得单细胞分辨率的数据信息,进而进行细胞身份鉴定、新细胞类型发现、时序分析等的测序技术。单细胞测序可以解决用多细胞样本测序无法解决的细胞异质性难题,为解析细胞群体中单个细胞的行为、机制及其与机体的关系等提供了新方法。


为此,华大学院特开设《单细胞组学实用技术分析培训班》,将华大宝贵的前沿技术经验分享给各位同仁。本期讲师团队长期从事单细胞测序数据分析,在组学领域积累很丰富的项目经验。


培训时间:2019年5月16日-19日(4天)

培训地点:中国 深圳

主办单位:华大基因学院

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培训目标

01/ 多组学科学研究思路、项目设计方法 

02/ 单细胞转录组测序的基础分析以及高级数据分析

03/ 多组学整合分析

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课程大纲

第一天

5月16日

01/ 科研项目设计

  • 单细胞组学技术发展历程和原理介绍 

  • 单细胞组学技术在科研中的应用:设计思路和案例介绍

  • 单细胞组学和多组学整合分析思路和案例介绍

02/ 精准医疗之蛋白质组-转录组&代谢组整合分析

  • 热点、流程介绍、案例解析

  • 文章作图

03/ 单细胞建库原理与操作

  • 样本获取和保存

  • 单细胞实验处理、建库、测序

  • 获取单细胞表达矩阵(RNA-seq 流程)

第二天

5月17日

01/ R安装、数据处理分析与绘图

  • R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明

  • R语言语法介绍及常用命令

  • 数据处理功能及统计应用

  • R语言画图实操及ggplot2介绍、实操

第三天

5月18日

01/ 单细胞转录组绘图和结果解读

  • 聚类分析

  • marker gene等高级分析

  • 时序分析

第四天

5月19日

01/ 多组学整合分析和结果解读

  • 转录组,基因组,表观分析介绍

  • RNA and ATAC-seq等多组学整合分析

02/ 参观深圳国家基因库(自愿参加)

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培训对象

从事单细胞研究(如利用单细胞组学技术进行癌症,发育,疾病机制研究)的科研工作者和高校师生

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培训优势

  • 一流的讲师——丰富的科研经验、重大项目执行经验

  • 全面的课程——技术原理、分析流程&技术应用相互结合,使用开源的软件&分析流程,更方便、快捷全新的方法

  • 面对面解决问题 —— 与专家面对面探讨遗传分析过程中的疑难瓶颈

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讲师团队

刘 石 平

刘石平,遗传学博士,2015年毕业于华南理工大学。自2009年加入华大研究院,从事单细胞基因组学、群体遗传学、比较基因组学等生物信息研究工作8年多。

参与众多国际重大的基因组学重大科研项目,如大熊猫基因组、北极熊群体基因组、G10K、癌症单细胞计划、Human Cell Atlas等。曾获中国青少年科技创新奖,深圳市高层次人才,深圳市盐田区生物产业高层次人才(优秀人才)。

目前主要研究单细胞多组学、脑科学等前沿领域。近五年已发表SCI论文14篇,其中Cell, Nature, Science (CNS)7篇,以第一作者或并列第一作者发表论文5篇。


以下展示部分发表文章:

1. Zhao Z, Goldin L, Liu S, Wu L, Zhou W, Lou H, et al. Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient. Nat Commun. 2016;7: 13765. doi:10.1038/ncomms13765.

2. Liu, S., Lorenzen, E. D., Fumagalli, M., Li, B., Harris, K., Xiong, Z., … Wang, J. (2014). Population genomics reveal recent speciation and rapid evolutionary adaptation in polar bears. Cell, 157, 785–794. doi:10.1016/j.cell.2014.03.054. 

3. Jex, A. R., Liu, S., Li, B., Young, N. D., Hall, R. S., Li, Y., … Gasser, R. B. (2011). Ascaris suum draft genome. Nature. doi:10.1038/nature10553.

4. Young, N. D., Jex, A. R., Li, B., Liu, S., Yang, L., Xiong, Z., … Gasser, R. B. (2012). Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. Nature Genetics. doi:10.1038/ng.1065.

刘 龙 奇

刘龙奇深圳华大生命科学研究院,资深信息分析工程师。

细胞生物学博士,2015年毕业于中国科学院。现任华大生命科学研究院单细胞组学实验室负责人。同时担任西北大学兼职教授,郑州大学兼职副教授,华大基因学院高级讲师。曾获中科院院长奖学金,深圳市高层次人才,深圳市盐田区“梧桐人才”。

目前主要负责高通量单细胞多组学测序新技术和产品研发工作,在细胞命运转变,表观遗传学,基因表达调控,单细胞多组学整合分析等方面具有丰富的经验。

近5年来以第一或通讯作者在Cell Stem Cell, Nature Materials, Nature Communications等杂志上发表论文或评论多篇。


以下展示部分发表文章:

1. Liu L, Xu Y, He M, Zhang M, …, Esteban MA. (2014). Transcriptional pause release is a rate-limiting step for somatic cell reprogramming. Cell Stem Cell 15, 574-588.

2. Xu Y, Liu L#, Laslett AL, Esteban MA#. (2013). Cell reprogramming: Into the groove. Nature Materials 12, 1082-1084. 

3. Liu L, Liu C, … Xun Xu. (2018) Deconvolution of Single-cell multi-omics layers reveals regulatory heterogeneity. Nature Communications.10 (1): 470.

4. Liu L, Leng L,… Ge L. (2018). An integrated chromatin accessibility and transcriptome landscape of human pre-implantation embryos. Nature Communications. 10 (1): 364.

戚 达

计算机科学博士, 华大基因蛋白质方向资深课程顾问,蛋白质组学研究专家。2008年获得威尔士大学计算机科学博士学位。

2011年在英国利物浦大学开始从事蛋白质组学信息分析研究,主要参与欧盟第七框架计划资助的ProteomeXchange项目,作为HUPO-PSI工作组的成员,制定蛋白质组学标准数据格式,包括定量蛋白质组标准mzQuantML,代谢组标准mzTab等格式的制定,开发与Pride数据库相关的软件。2016年负责英国生物技术和生物科学研究理事会(BBSRC)牛顿基金资助的英国-中国-泰国-菲律宾-越南可持续水稻计划项目,开发生物信息分析流程,利用蛋白基因组学方法,提高水稻基因注释的可靠性以及发现新的未知基因。

2017年加入华大基因,担任蛋白质生物信息平台负责人。主攻基于质谱的蛋白质组学,代谢组学数据标准化建设,大数据深度挖掘,智能生物信息分析系统开发。截至当前,在国际著名学术期刊发表文章10余篇,开发商业化软件ProteoLabels的原型。具有丰富的生物信息分析经验和项目经验,教学举一反三。


以下展示部分发表文章:

1. Z. Ren, D. Qi, N. Pugh, K. Li, B. Wen, R. Zhou, S. Xu, S. Liu, A. R. Jones, Improvements to the rice genome annotation through large-scale analysis of RNA-Seq and proteomics datasets, Molecular and Cellular Proteomics, November 2018, mcp.RA118.000832; https://doi.org/10.1074/mcp.RA118.000832.

2. D. Qi, C. Lawless, J. Teleman, F. Levander, S. W. Holman, S. Hubbard, A. R. Jones, The representation of selected-reaction monitoring data in the mzQuantML data standard, Proteomics, 2015, 15(15): 2592-96. doi:10.1002/pmic.201400281.

3. D. Qi, R. Krishna, A. R. Jones. The jmzQuantML programming interface and validator for the mzQuantML data standard, Proteomics, 2014, 14(6): 685-8. doi:10.1002/pmic.201300281. 

夏 军

夏军华大智造项目经理。

主要负责胚胎植入前检测以及单细胞测序方向产品的研发。先后负责孕妇外周血胎儿有核红细胞分离应用,胚胎植入前遗传传学筛查试剂盒开发、胚胎植入前胚胎单基因病和染色体异常一体化检测技术开发与stLFR建库试剂盒开发等项目,已发表SCI文章3篇,申请专利4项。在胚胎植入前检测和单细胞建库测序方向有丰富的经验。

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收费标准

01/  注册费

  • 5000元/人。(含包括学费、资料费、实操练习费、其他材料费及餐费)

【注】培训期间可协助安排住宿,费用自理。


02/  优惠政策

  • 华大业务合作伙伴/培训班老学员,可享9.5折优惠,即:4750元/人;

  • 转发分享此文至朋友圈并带上【报名参加】的评论,可享9折优惠,即:4500元/人;

  • 5人及以上团体报名参加本期培训,可享8折优惠,即:4000元/人;

【注】以上优惠不能同时使用,最终优惠解释权归华大学院所有。